블랙 메사에 근무하는 평범한 연구원 고든 프리맨이 자신에게 메세지가 많이 오는 평범한 나날을 보내던 중 모두가 좀 바쁜 중요한 날을 맞이하게 된다. 문제가 일어날 것 같은 조짐이 보이지만 고든 프리맨은 행정관의 실험 강행에 의해 반질량 분광기를 작동시키게 되고 이내 장비는 정지시킬 수가 없게 되면서 연쇄 공명 현상에 의해 다른 차원이 열려 외계 괴물들과 큰 머리 게들이 블랙 메사에 출현하게 되는 상황이 발생한다. 이 더 이상 감당할 수 없는 상황에서 고든 프리맨은 자신의 체력과 과학자들의 두뇌를 합쳐 훌륭한 팀을 결성하고 크로우 바, 멀리뛰기 모듈, 접착 총, 과충전 레이져 총과 낡은 무기들로 무장해 가끔씩 바보! 짓을 하면서 믿을 수 없는 정부와 외계 괴물들, 다리가 없는 그놈, 큰 머리 게들에 맞서 싸우기 시작한다.